管理创新主体内在的条件是指那些存在于创新主体内部，能够促进创新活动发生的特质和能力。在给出的选项中，选项C“创新主体的创新意识”和选项D“创新能力”是管理创新主体内在条件的体现。 选项C“创新主体的创新意识”指的是创新主体对于新思想、新方法的接受度和追求创新的内在驱动力。这种意识是创新活动能够发生的基础，因为它能够激发主体去探索未知、挑战现状，并寻求改进和创新。 选项D“创新能力”则是指创新主体在实际创新过程中所展现出来的能力，包括但不限于解决问题的能力、学习新知识的能力、适应变化的能力等。这种能力是创新成功的关键，因为它直接影响到创新主体能否将创新意识转化为实际的创新成果。 而选项A“基础管理条件”、选项B“创新目标”和选项E“创新氛围”虽然对管理创新也很重要，但它们更多地属于外在条件或辅助条件，而不是创新主体内在的条件。基础管理条件为创新提供了必要的组织和制度支持；创新目标是创新的方向和目的，它引导创新主体的创新活动；创新氛围则是组织文化的一部分，它能够影响创新主体的创新行为，但不是创新发生的直接内在条件。因此，正确答案是CD。